いわゆる「色」は光線の波長によって識別されているが、これはレーザー光においても例外ではなく、このためレーザーポインターの規格として波長が記載されている場合は、その値から「何色のレーザー光か」を知ることが出来る。単位は主に「nm」（ナノメートル）で示される。
635～690nm
レーザーポインターのうち、製造しやすさもあって標準的に普及しているのは赤色レーザーポインターで、波長はおおよそ635～690nmである。なお、この付近の波長では波長が長くなると赤外線（700nm以上）に差し掛かり、短波長側ほど視感度が高い。輝度が向上し明るい映像が得られるプロジェクターではレーザーポインターの光点との輝度差が狭まり、クラス2でも650～690nmの製品では認識しにくい場合があるため、より認識されやすい635nm製品が適切となる。製造しやすさの面では650～690nmの半導体レーザー素子のほうが安価に製造できるため、玩具用ないし廉価版製品では同波長帯域のものが主流である。なお後述する緑色レーザーポインターは緑色の背景を持つ映像では同色であることから視認し難いため、この場合は映像内容に合わせ赤色レーザーが選択されうる。
532nm
緑色レーザーポインターは、視認性の高さから利用される。レーザーポインターとして一般に利用される製品では法的な出力制限もあるため、同出力でもより「見易い」色のほうが理にかなっているためである。出力が高いほど視認性も高いです。例えば、同じ高出力レーザーポインターでもグリーンレーザーの方がほかの色より見やすいです。また、外科手術における利用や、先天色覚異常者による視認に関しても赤色レーザーよりも緑色レーザーの方が発見しやすいという意見がある。緑色レーザーポインターではDPSS（ダイオード励起固体レーザー）方式の製品が低価格化し普及しているが、光学機器としての部品点数が多く、また電子回路も複雑なため、一般的に赤色レーザーポインターよりも高価な傾向がある。製品グレード（価格帯）により出力安定性や落下時の耐衝撃性に違いがある。特に温度特性が赤色レーザーポインターよりもシビアなので、数百秒以上照射が持続できない製品が低価格品に散見され、長時間照射不可と明記している製品も存在する。なお前述したとおり、同系色の画像ではレーザーポインターの光点が見えにくくなるため、背景色に赤が多い映像では緑色レーザーポインターが選択されうる。
これ以外には、需要に応じて青色・黄色・赤外線などのレーザーポインターも存在するが、余り一般的とはいえない。
